Von 1931 bis 1944 war Elster Leiter des Instituts für Seenforschung und Seenbewirtschaftung in Langenargen, wo er richtungweisende Untersuchungen über Produktion, Bestand, Befischung und Ertrag im Bodensee erarbeitete (1944). Leitete ab 1948 die Hydrobiologische Station für den Schwarzwald in Falkau, die aus einer privaten Initiative hervorgegangen war (daher auch Walter-Schlienz-Institut genannt). Habilitation 1951 an der Univ. Freiburg, hier lehrte er als Dozent für Zoologie, Limnologie und Fischereiwissenschaft. Im Jahre 1957 wurde er außerplanmäßiger Professor, 1962 außerordentlicher und 1964 ordentlicher Professor. Er bekleidete damit den ersten Lehrstuhl für Limnologie in Deutschland. 1976 Emeritierung.