Von 1901 bis 1903 war er Teilnehmer der von Erich von Drygalski geführten deutschen Südpolar-Expedition und Leiter der Kerguelen-Station. 1904 Forschungsreisen nach Australien und Indien. Von 1906 bis 1907 arbeitete er im Deutschen Büro der Internationalen Bibliographie der Naturwissenschaften in Berlin. 1908 wurde Werth Mitarbeiter bei der Kaiserlichen Biologischen Anstalt für Land- und Forstwirtschaft, der späteren Biologischen Reichsanstalt, in Berlin. 1917 wurde ihm der Titel Professor verliehen. 1920 übernahm Werth die Leitung des Laboratoriums für Meteorologie und Phänologie der Biologischen Reichsanstalt. 1934 wurde Werth in den Ruhestand versetzt.