Ab 1920 arbeitete er im Danziger Staatsarchiv. 1927 wurde ihm die Leitung des Staatlichen Landesmuseums für Danziger Geschichte anvertraut, das 1939 zum Gaumuseum für westpreußische Geschichte erweitert wurde. Ab 1931 lehrte er an der Technischen Hochschule in Danzig als Professor für mittelalterliche Geschichte, historische Hilfswissenschaften und Deutsche Landesgeschichte. Keyser lehrte in der Nachkriegszeit in Marburg und leitete von 1950 bis 1965 die Historische Kommission für ost- und westpreußische Landesforschung. Ebenfalls 1950 beteiligte er sich an der Gründung des Herder-Forschungsrates und des J. G. Herder-Instituts, das er bis 1959 leitete. Ab 1952 war er Mitherausgeber der Zeitschrift für Ostforschung.